Dorobek twórczy Tomasza Sikorskiego jest znacznie obszerniejszy, niż zwykło się sądzić. Poza grupą jego najbardziej znanych i wysoko cenionych utworów, istnieje też duża grupa mniej popularnych kompozycji, które nie doczekały się jeszcze należytego uznania. Istnieje jednak też nadspodziewanie duży zbiór dzieł, które bądź pozostają w rękopisach, bądź których rękopisy zaginęły, a o ich istnieniu dowiadujemy się tylko z relacji samego kompozytora (najczęściej życiorysów i różnego typu formularzy, w których twórca opisywał swój dorobek) lub z innych dokumentów. Status zaginionych rękopisów nie dotyczy w przypadku Sikorskiego wyłącznie, jak to często bywa, utworów młodzieńczych, mniej cenionych przez kompozytorów, których wspomnienie wywołuje u nich lekkie zażenowanie lub zakłopotanie, lecz również dzieł powstałych w dojrzałym okresie twórczości.

By zachować porządek chronologiczny najpierw wymienione jednak zostaną kompozycje młodzieńcze, czyli powstałe w czasach licealnych oraz studenckich, które nie przetrwały do naszych czasów. Są to:

• Sonata na fortepian, 
• Symfonia na orkiestrę smyczkową, 
• Tryptyk na fortepian (1955), 
• Mały tryptyk na fortepian (1955),
• Pięć miniatur na fortepian (1955), 
• Trio stroikowe (1958),
• Warianty na fortepian i cztery grupy perkusyjne (1960),
• Echa I na fortepian i perkusję (1961),
• Echa II dla pięciu wykonawców (1961-62),
• Szkice na kwartet smyczkowy (1962),
• Stretty na chór kameralny i instrumenty (1962).

Utwory późniejsze, które można uznać za zaginione, to z kolei:

• Musique diatonique II na 20 instrumentów dętych i 8 tam-tamów i fortepian (1970),
• Etude na orkiestrę (1972),
• Moderato Cantabile na wiolonczelę solo (1986)

Natomiast utwory o nieznanym bądź niepewnym datowaniu to:

• Dwie etiudy na orkiestrę,
• Cztery utwory na orkiestrę, 
• Inwokacja na 28 instrumentów dętych, chór fortepian i dzwony,
• Musica concertante na fortepian i orkiestrę,
• Muzyka na instrumenty dęte blaszany, tam-tamy i dzwony,
• Tabula rasa na recytatora, chór, dwa fortepiany i taśmę,
• Trzeci utwór orkiestrowy na orkiestrę
• Trzy szkice na orkiestrę symfoniczną.

Być może Tomasz Sikorski jest również autorem kompozycji Hommage à Kandinsky na orkiestrę, która miała powstać w 1971 roku. Informacja o tym utworze znajduje się jednak tylko w jednym, niezbyt pewnym źródle.

Większość z wymienionych wyżej rękopisów utworów powstałych już po studiach wyniósł z Biblioteki Nutowej Polskiego Wydawnictwa Muzycznego w Warszawie (ówczesnej Centralnej Biblioteki Nutowej) sam kompozytor (między 1975 a 1983 rokiem). Tylko on bowiem miał prawo pobrania (wyniesienia z Biblioteki), pod pretekstem wprowadzania zmian bądź poprawek, zdeponowanego rękopisu. Niestety wypożyczonych rękopisów nigdy nie zwrócił. Największą partię swoich utworów (aż sześć) wyniósł 18 kwietnia 1978 roku. Zarówno przyczyny tego działania, jak i powód, z którego Sikorski rękopisów nie zwrócił pozostają nieznane. Nikomu nigdy nie wspomniał o tej sytuacji. Nie była ona też niczym wyjątkowym. Na porządku dziennym było bowiem nanoszenie przez kompozytorów poprawek, robienie korekt, przygotowywanie partytur do kolejnego wykonania lub wydania. Te prace nie odbywały się oczywiście w budynku Biblioteki lecz w zaciszu domowych pracowni.

Prawdopodobnie Sikorski był z zabranych utworów niezadowolony i chciał je „skutecznie” wycofać. Możliwe też, że – jak w przypadku Recitativo e Aria oraz La Notte – ich obszerne fragmenty wykorzystał w innych kompozycjach. Z powodu braku materiału porównawczego, nie można tego jednak stwierdzić z całą pewnością.

Po śmierci kompozytora jego mieszkanie przy Pl. Konstytucji 2 zostało opróżnione przez administrację bez nadzoru rodziny (żyła wówczas siostra kompozytora). Można przypuszczać, że w tych okolicznościach zaginęło większość jego rzeczy osobistych oraz rękopisów. Ostatnie lata życia Sikorskiego upłynęły w samotności. Odciął się od świata, nie dopuszczał nikogo do siebie. Trudno zatem orzec, jaki rzeczywiście spotkał je los. Czy zniszczył rękopisy przed śmiercią, w momencie kolejnego załamania nerwowego? Czy skończyły na śmietniku pod jego domem wraz ze szczątkami wyposażenia mieszkania, które ostało się po oczyszczaniu go przez kompozytora z podsłuchów? Trudno mieć nadzieję, że się kiedykolwiek odnajdą. Zawsze jednak istnieje szansa, że gdzieś, przypadkiem, zachowała się jakaś kopia.